На днешния 23 ноември през далечната 1893 година на 74-годишна възраст в Пловдив умира д-р Стоян Иванов Чомаков - български лекар хирург, общественик и политик. Той е виден борец за църковна независимост. След Освобождението е дописен член на Българското книжовно дружество, министър на народното просвещение, народен представител. В дома му в Пловдив днес се помещава постоянната експозиция с картини на художника Златю Бояджиев.

Стоян Чомаков е роден през 1819 г. в Копривщица. Майка му произхожда от влиятелния бегликчийски род Чалъкови. Баща му умира рано и той е отгледан с помощта на по-големия си брат Салчо Чомаков и вуйчовците си. През 1820-те години Чалъкови се преселват в Пловдив, където играят важна роля в управлението на града и имат голямо влияние върху османската администрация.

Първоначално Стоян учи в основаното от вуйчо му килийно училище в Копривщица. През 1831 г. се премества в гръцката прогимназия в Пловдив, а след това в съществувалото през 1836 – 1839 г. училище на Теофилос Каирис на остров Андрос. Там негови съученици са Иван Добровски, Стоян (бъдещият Иларион Макариополски), Димитър и Никола Михайловски, Петър и Константин Мишайков. След закриването на училището продължава образованието си в гимназията в Атина, след това следва медицина в Пизанския университет, завършва във Флоренция и специализира хирургия в Париж през 1848 г.

От 1848 до 1860 г. е първият градски лекар в Пловдив. Той става известен, като прави за първи път в Османската империя няколко операции на перфориран хранопровод. През 1849 г. открива в града и първата българска аптека, освен това е училищен настоятел и преподава френски език.

Д-р Чомаков произнася реч по време на изпитите в гръцкото училище в Пловдив, в която се обявява срещу елинизацията и призовава българите да учат на български език. Противоречията между българи и гърци в града се засилват, след като новоназначеният митрополит Хрисант нарича българския език „цигански“ и много влиятелни българи, сред които Салчо Чомаков, Найден Геров, Георгаки Чалъкоглу, призовават за неговото отстраняване. През 1857 г. със съдебно решение Хрисант е отстранен и мястото му заема Паисий, елинизиран албанец, който по-късно подкрепя усилията за обособяване на българската църква. През следващите няколко години споровете в града не спират и на няколко пъти се стига до насилствени сблъсъци между българи и гърци във връзка с използването на български език в богослужението в определени църкви.

На 3 април 1860 г. в Цариград епископ Иларион Макариополски обявява независимостта на църквата от Цариградската патриаршия и е подкрепен от митрополитите Авксентий Велешки и Паисий Пловдивски. Османското правителство приема да признае създаването на нов български милет едва след сключването на уния с Римокатолическата църква. В край на 1860 за глава на униатската църква е назначен архиепископ Йосиф Соколски, а в началото на 1861 г. Иларион, Авксентий и Паисий за изпратени на заточение в Атон.

При създалото се положение Стоян Чомаков организира свикването на общобългарски събор в Цариград. Самият той става представител в него на Пловдивската и Софийската епархии. След пристигането си в Цариград през пролетта на 1861 г. и с подкрепата на руския посланик Чомаков успява да издейства отстраняването на Йосиф Соколски, след което много други привърженици на унията оттеглят подкрепата си за нея.

Църковният въпрос получава ново развитие със смъртта на султан Абдул Меджид. Той е наследен от Абдул Азиз, който малко по-късно назначава за велик везир Али паша, изразявал нееднократно симпатии към българските претенции. По същото време Тодор Бурмов, подкрепян от руското посолство, предлага програмата, известна като „Осемте точки“, която предвижда равнопоставеност на българи и гърци в рамките на патриаршията. Въпреки това църковният въпрос не получава особено развитие.

През есента на 1861 г. повечето представители на общобългарския събор се разотиват, като в Цариград остава малка група, която да продължи преговорите с правителството. През март 1862 г. Стоян Чомаков също се завръща в Пловдив, където малко преди това е починала съпругата му. През май той отново заминава за Цариград, като представител на пловдивската община в Смесената комисия, създадена за преговорите с Патриаршията по Осемте точки.

През 1871 г. се провежда църковно-народен събор, в който той взема участие. През 1871 – 1876 г. е член на Екзархийския съвет. По време на Априлското въстание води протурска кампания. От 1877 г. е член на Държавния съвет в Цариград. След Руско-турската война от 1877 – 1878 г. е губернски лекар в Пловдив и член на Либералната партия в Източна Румелия. Бил е народен представител в Областното събрание на областта. От 1881 до 1884 г. е член на Постоянния комитет на областта. По време на Съединението е избран за член и подпредседател на Временното правителство. От 1881 г. е дописен член на Българското книжовно дружество (днес БАН), а от 1884 г. и почетен член. Народен представител е в 4 ВНС и 5 и 6 ОНС.

В периода 29 юни-20 август 1887 г. е министър на просвещението в преходното правителство на Константин Стоилов.