На днешния ден през 2004 Христо Стоичков е назначен за старши треньор на националния отбор, но след много скандали се отказва през 2007 и става треньор на „Селта“ (Виго), където се задържа 6 месеца. После е канен да поеме националния отбор на Виетнам, както и руския ФК „Ростов“ (Ростов на Дон), но отказва.

През септември 2007 г. печели награда „Златен крак“ и е обявен за най-великия български футболист от организаторите на наградата.

Следващата 2008 година открива детска футболна школа в Етрополе, защото, както самият той казва, „не може да забрави колко много е получил той самият във футбола като дете“. В периода 2009 – 2010 г. в ЮАР е треньор на „Мамелъди Съндаунс“, като извежда отбора до 2-ро място в шампионата.

През 2011 г. е съветник на президента на руския ФК „Ростов“. През 2012 година е назначен за старши треньор на ПФК „Литекс“ (Ловеч), а през юни – юли 2013 г. – на ПФК ЦСКА (София).