Борис Гуджунов е роден на 22 май 1941 г. в Пазарджик. Той е един от най-популярните поп певци в България. Името му става популярно в края на 60-те години на 20 век. Завършва техникум по фина механика и оптика. Работи в Киноцентъра и Оптико-механичния завод в София.

През 1963 г. е приет във ВИТИЗ „Кръстю Сарафов“, където учи до 1967 г. Успоредно с това учи в Школата за естрадни изпълнители при БНР през 1964 г.

В началото на концертната си дейност изпълнява рокендрол и кавър-версии на шлагери като солист на „Сребърните гривни“ и Биг бенда на БНР.

Първия си запис прави през 1964 – „Търси се една девойка“ (м. Петър Ступел). По-късно е солист на оркестър „София“ (1968 – 1971).

Прави гастроли в Русия, Полша, Сърбия, Турция, Германия, Италия, Куба, Алжир и Япония. Пише и текстовете на някои свои песни.

Той е един от малцината, които остават живи в самолетната катастрофа на 21 декември 1971 г., при която загива Паша Христова. След това започват проблемите му със сърцето и тежка форма на диабет.

За дълъг период от време след това изчезва от сцената. През 90-те години заедно с Борислав Грънчаров и Боян Иванов създават трио „Бо Бо Бо“.

През 1998 г. получава Голямата награда „Златният Орфей“ за цялостно творчество.

Работи съвместно с композиторите Зорница Попова, Морис Аладжем, Вили Казасян и Найден Андреев.

Дуетните му песни „Хора и улици“ – с Мими Иванова, и „За кой ли път“ – с Тони Димитрова, се превръщат в едни от най-големите му хитове. Има и два дуета: с Мария Нейкова – „Семейство Капулети“, и Маргарита Хранова – „Към теб, любов“, записан в албума ѝ „Марги и приятели“ от 1999 г., но и двата не са толкова популярни и хитови. Има дуети с Мими Николова – „Двата бряга“ и „Знаци“, и със Стефка Оникян – „Никога не е късно“.

Изпълнява песента „Хубавият град“ към филма „Моето бъдеще“ (1969), „Хора и улици“ с Мария Нейкова от филма „Момчето си отива“ (1972) и към филма „Бягство в Ропотамо“ (1973) заедно с Мими Николова и Боян Иванов.

Борис Гуджунов сключва брак с Емилия, но по-късно се разделят. Борис и Емилия имат син, който живее във Великобритания. През 1981 г. Борис Гуджунов се запознава с полякинята Елжбета, с която по-късно сключва брак. Двамата имат син – Кристиян, роден през 1993.

Борис Гуджунов почина на 14 юни 2015 година в София, на 74 години.