Цар Борис III умира неочаквано от инфаркт след кратко боледуване в 16:22 ч. на 28 август 1943 г., скоро след завръщането си от визита при Хитлер.

Днес стават точно 80 години от смъртта му.

Според дневника на германския аташе в София по това време, полк. фон Шьонебек, двамата германски доктори, които са се грижили за царя – Зайц и токсикологът Ханс Епингер, са вярвали, че Борис е починал от същата отрова, която д-р Епингер е намерил две години по-рано при аутопсията на гръцкия министър-председател Йоанис Метаксас – действа в продължение на седмици, причинявайки появата на петна по кожата.

Слухове за смъртта на Борис III сочат, че царят е отровен по нареждане на Хитлер, който бил силно раздразнен след последната си среща с българския владетел заради отказа му да предаде българските евреи и да изпрати войски срещу СССР. Според министър председателя проф. Богдан Филов обаче, в последната си среща Хитлер и Борис III са обсъждали само изпращането на допълнителни български войски в Западните Балкани, но не и срещу СССР. Синът му Симеон Сакскобургготски не отрича тази версия, но посочва като вероятна и хипотезата, че интерес от смъртта на царя е имал и СССР, като в случая е възможна намесата на НКВД. Княгиня Мария Луиза Българска посочва в интервю, че няма категорична версия за случилото се, но че е убедена, че баща ѝ не е отровен от нацистите, или от англичаните, а от Изток.

В личния си дневник Йозеф Гьобелс изразява съмнения, че за смъртта на Борис III отговорност носи италианското правителство в лицето на премиера Пиетро Бадолио. Според Гьобелс, Хитлер е убеден, че италианският кралски двор е организаторът на отравянето на Борис III, тъй като принцеса Мафалда Савойска, сестра на Йоанна Българска, e на визита в България четири седмици преди смъртта на монарха. Според свидетелствата на Гьобелс, визитата на Мафалда Савойска приблизително съвпада по време със събитията от 25 юли 1943 г. – свалянето от власт на фашисткия диктатор Бенито Мусолини, подкрепено от Виктор Емануил III, баща на Йоанна Българска.

След петдневно поклонение в катедралата „Св. Александър Невски“, на 5 септември траурното шествие достига до Рилския манастир, където е погребан в манастирската църква.

Наследява го на престола невръстният му син цар Симеон II, от чието име управлява избраният от народното събрание регентски съвет – проф. Богдан Филов, княз Кирил и генерал-лейтенант Никола Михов до преврата на 9 септември 1944 г., когато е назначен от комунистите последният регентски съвет в състав: акад. Тодор Павлов, проф. Венелин Ганев и Цвятко Бобошевски, който управлява до установяването на републикански режим на 15 септември 1946 г.