В живата експозиция на музея е открит нов аквариум с 36 вида корали, няколко вида безгръбначни и риби. Сред красивите обитатели на умаления коралов риф са ярката „морска ябълка“ (Pseudocolochirus sp.), която е роднина на морските звезди и морските таралежи (тип Бодлокожи), пищната морска бета (Calloplesiops altivelis), чудатата листоноса змиорка (Rhinomuraena quaesita) и др.

През последните години аквариумът към музея не спира да се разширява и да обогатява видовия си състав, превръщайки се в едно от най-атрактивните места за посещение в Пловдив и в най-добрият аквариум в страната. За в бъдеще се предвижда изграждане на 10 -тонен аквариум с акули и скатове, където животните ще могат да нараснат до пълните си размери.