На 22 февруари 1943 година България и Германия сключват споразумение за депортация „най-първо“ на 20 хиляди български евреи в Германия.

На 2 март с постановление на Министерския съвет споразумението за изселване е потвърдено, а на Комисарството е възложено да организира изселването на 20 хиляди евреи от „новоосвободените земи“. По данни на самото Комисарство там живеят около 11 хиляди евреи, така че изпълнението на постановлението е невъзможно. Същевременно доклад на Габровски, одобрен на 24 февруари от министър-председателя Богдан Филов, предлага в изселването да бъдат включени и „нежелателни евреи“ от старите територии. Въпреки одобрението си, Филов не приема настояванията на Габловски това да бъде вписано в публичното постановление на Министерския съвет, но Комисарството приема одобрения доклад за достатъчно основание за изселването и на евреи от старите територии.

На 4 март 1943 г. започва депортиране на евреите от Беломорието. 4058 души са транспортирани до Лом и оттам на 4 корабчета са изпратени до Виена. Оцеляват само 100 от тях.

Български полицейски части (под немско командване) в Битоля и Скопие избират евреите от Вардарска Македония и от 10 март започва депортирането на 7144 души с вагони до дунавските пристанища Лом и Видин. Оттам те са отведени в Треблинка^[9]. Оцеляват само около 200 от тях.

На 12 март са депортирани 161 евреи от Пиротско през Лом за Виена.

Опити за депортиране на евреи от стара България:

Според първоначалния план на Комисарството по еврейските въпроси изселването трябва да обхване около 6000 души от старите територии – 3500 от София, 612 от Пловдив, останалите от Русе, Пазарджик, Ямбол, Бургас, Хасково, Варна, Видин и Лом. Още през февруари Комисарството съставя списъци на евреи, „които са по-богати, обществено проявени и такива, проявени в противодържавни и противобългарски чувства“. До практически стъпки се стига само в Пловдив, където 612 души са задържани в двора на една казарма в 3 часа през нощта на 10 март, но по обяд са освободени по нареждане на главния секретар на вътрешното министерство.

В тези събития се намесва митрополит Кирил - бъдещият Патриарх Български. Той влиза в еврейския лагер в Пловдив и заявява, че ще тръгне с депортираните, ако те не бъдат освободени. Междувременно в страната се надига вълна от народно негодувание срещу решението на правителството. За отмяната на първия и най-организиран опит за депортация на евреите от „стара България“ важна роля изиграва бързото и решително действие на група от 42 депутати начело с подпредседателя на Народното събрание Димитър Пешев, които се обявяват срещу случващото се, като чрез подписка в Народното събрание правят действията публично известни, показват фактическата им нелегитимност и с това бламират антисемитските действия на прохитлеристкото правителство. Самото правителство спира депортирането.

Лекарският съюз, Съюзът на писателите и спортно дружество „Славия“ също се противопоставят. Българската православна църква реагира особено последователно, като окуражава морално както евреите, така и множеството българи, несъгласни с политиката на правителството за разделение на нацията с мотива, че гоненията на евреите са удар по самата България. Особено активен е софийският митрополит Стефан, оглавяващ Светия Синод по това време.

Намесват се и множество отделни личности, включително и вдовицата на държавника Петко Каравелов, Екатерина Каравелова. На 24 май 1943 г. в София е проведена голяма публична демонстрация в защита и подкрепа на българските евреи. Последиците от разселването на евреите, както и напредъка на разгрома на Вермахта през следващите месеци правят депортирането практически неосъществимо. Протестите създават възможност цар Борис III да отмени депортацията на евреите от „стара България“.

Антиеврейското законодателство в България е отменено официално в началото на септември 1944 г. от правителството на Константин Муравиев. По английска инициатива в София правителството преговаря с швейцарския посланик за изселване в Палестина на 4000 деца и 400 възрастни евреи.